深圳市龍崗區耳鼻咽喉醫院是獨立設置的三級公立專科醫院，設有耳鼻咽喉科、口腔科、眼科三大臨床專科,均按專科醫院設置亞專科，其中耳鼻咽喉科下設耳科、鼻科、變態反應科等9個二級學科(學組)，口腔科下設修復、正畸、種植等10個二級學科(學組)，眼科下設視光學科、白內障學科、眼科綜合等3個二級學科(學組)。醫院先后成立深圳市耳鼻咽喉研究所、龍崗區口腔醫學研究所，創建深圳市醫學重點學科、廣東省臨床重點專科、深圳市耳鼻咽喉疾病重點實驗室，獲批國家自然科學基金A類依托單位和省、市博士后創新實踐基地，與中國科學院深圳先進技術研究院、中山大學孫逸仙紀念醫院、香港中文大學(深圳)等簽署聯合招收博士后框架協議。承擔國家、省、市等科研課題170余項，其中國家自然科學基金項目24項、廣東省自然科學基金項目8項2023年與國家耳鼻咽喉疾病臨床醫學研究中心正式簽署合作協議共建“國家耳鼻咽喉疾病臨床醫學研究中心聽覺與平衡覺診療示范基地”，2024年與香港中文大學(深圳)正式簽訂合作框架協議共建“香港中文大學(深圳)耳鼻咽喉頭頸外科醫院及研究院”，著力打造大灣區國際知名的研究型專科醫院，“高校+醫院+研究院所”醫教研產相結合的創新醫療中心。